团队发现了人体在炎症、缺氧的病理状态下产生的内源性活性物质及其代谢新机制，该内源性物质也是丹参在体内代谢的核心效应分子，此发现有助于理解人类自我保护和再生防御机制的生物学基础，用实例科学阐释了“天人合一”的中医药理论。

团队提出了“良关系”对药研究新思路，以揭示君使（臣）对药关系为突破口，纲举目张地阐明中药配伍机制，解决了中药复杂体系分析难的问题，探索了中药复杂体系研究的新模式。团队创建了集化学、数学、生物学、药学多学科技术的系列组合辨识技术，精准辨识药物-机体复杂系统中的核心效应分子，解决了中药复杂体系辨识难、周期长、准确率低的难题。团队提出创新药物分子设计“合策略”，遵循中药配伍机制，采用药物拼合手段设计多靶多效协同的全新分子，解决了新药分子设计受限于已知靶点、安全性低、失败率高的难题，提高了分子设计的目标性和可靠性。

团队构建了高效生产工程菌株和相关后修饰基团的功能酶库，结合合成生物学与化学合成技术，形成了天然产物及其衍生物、化学药物绿色智造技术，解决了中药新药产率低、纯度低、质控难的问题，实现了高效、环保、可控中国式创新药物生产制备。应用上述首创的研究思路和技术研发了抗脑缺血创新药 DBZ、抗缺血缺氧性心肌病创新药 IDHP、新型抗高血压药物 221S 及抗癫痫药物 93S，入选国家“十一五”、“十二五”重大新药创制专项资助、入库与候选。